Hornemann miał również odnaleźć tajemnicze pustynne miasto Timbuktu.
Wyprawa Zgodnie z planem Hornemann wyruszył do Kairu, mijając się w drodze z angielskim badaczem Mungo Parkiem, który właśnie wracał ze swej pierwszej podróży do Afryki Zachodniej. We wrześniu, wkrótce po przybyciu młodego Niemca do Egiptu, w Kairze wybuchła epidemia dżumy i miasto obłożone zostało kwarantanną na blisko dziesięć miesięcy. Nie mogąc ruszyć w drogę, Hornemann zaczął uczyć się arabskiego, w czym pomagał mu Niemiec-muzułmanin, na stałe mieszkający w Kairze Joseph Frendenburgh (lub Freudenberg). Frendenburgh zgodził się wziąć udział w wyprawie jako tłumacz.
Kwarantanna w Kairze została zdjęta we wrześniu 1798 roku, ale Hornemann nie był w stanie - wobec napoleońskiej inwazji Egiptu - zrealizować swych londyńskich listów kredytowych. Potrzeba było wstawiennictwa samego Bonapartego, by wreszcie w grudniu francuski bank wypłacił pieniądze i ekspedycja mogła ruszyć w drogę.