sam również doznał przy tym uszkodzeń i wycofał się. Akcja ta zmusiła okręty Unii do odwrotu, podczas którego USS „Vincennes” utknął na mieliźnie, lecz ostatecznie okręt uratowano.
W grudniu 1861 „Manassas” został zakupiony przez rząd Konfederacji i wszedł formalnie w skład jej marynarki. Wchodził następnie w skład sił broniących Nowego Orleanu na początku kampanii na Missisipi.
24 kwietnia 1862 wziął udział w bitwie z okrętami Unii eskadry komodora Farraguta, które sforsowały zagrodę na rzece koło fortów St. Philip i Jackson. CSS „Manassas” usiłował staranować slup USS „Pensacola”, lecz ten uchylił się i ostrzelał go salwą z niewielkiej odległości. „Manassas” zdołał następnie uszkodzić, taranując, po czym ostrzeliwując z działa, bocznokołową kanonierkę USS „Mississippi” i slup „Brooklyn”. Podczas kolejnego ataku na USS „Mississippi”, uchylając się przed jego ostrzałem, „Manassas” utknął jednak na mieliźnie i musiał zostać opuszczony przez załogę. Unieruchomiony okręt został ciężko uszkodzony ogniem „Mississippi”, po czym płonąc, ześlizgnął się z mielizny i zaczął dryfować w dół rzeki, obok okrętów moździerzowych Unii, a następnie wybuchnął i zatonął.