Na dzień przed zaprzysiężeniem Taftowie wprowadzili się do Białego Domu. Nowa pierwsza dama wprowadziła tam nowe porządki, jak wymiana personelu, zamiana salonów do spotkań publicznych na prywatne pokoje i sprowadzenie mebli i kwiatów z Filipin. Większość jej zmian była krytykowana przez elitę stolicy, która twierdziła, że Helen Taft traktuje Biały Dom jak pałac w Manili. Ponadto Nellie wprowadziła wieczory artystyczne i zasadziła 80 drzew wiśni nad brzegiem Potomaku.

Helen Taft bardzo aktywnie włączała się w sprawy państwowe i decyzje polityczne męża. Prezydent twierdził, że jego żona w rzeczywistości rządzi krajem, a on jest jedynie „nominalnym prezydentem”.

W 1909 Helen Taft miała wylew. W czasie jej niedyspozycji obowiązki pierwszej damy przejęły siostry prezydenta oraz jego córka. Nellie wróciła do zdrowia rok później. Porażka jej męża w wyborach w 1912 bardzo ją zasmuciła i zirytowała. Opuściła Biały Dom, nie żegnając się z personelem, i nie przyjęła zaproszenia od nowo wybranego prezydenta, Woodrowa Wilsona. Oboje zamieszkali w New Haven, gdzie William został profesorem na Uniwersytecie Yale. Po śmierci męża, w 1930, nie uczestniczyła już w życiu publicznym.