W latach 1919–1923 wykładał na Uniwersytecie Poznańskim geologię i paleontologię. Profesor honorowy patologii i terapii szczegółowej chorób wewnętrznych. Opublikował kilkadziesiąt prac naukowych z medycyny, historii medycyny, paleontologii, historii nauk przyrodniczych oraz historii filozofii.
Członek honorowy Towarzystwa Lekarskiego w Warszawie, Krakowie, Wilnie i Łodzi oraz Towarzystwa Przyrodników Polskich w Petersburgu, a także Polskiego Towarzystwa Przyrodników im. Mikołaja Kopernika. Członek honorowy Akademii Nauk Lekarskich w Warszawie.
Zmarł w Żegocinie koło Pleszewa, ale spoczywa w Poznaniu. Pozostawił po sobie bogate archiwum i zbiory przyrodnicze, które zapoczątkowały Muzeum im. Franciszka Chłapowskiego, utworzone przez Poznańskie Towarzystwo Przyjaciół Nauk. Wkrótce też powołano w Poznaniu Towarzystwo Miłośników Przyrody im. Franciszka Chłapowskiego.
Bibliografia
Janusz Skoczylas: Franciszek Chłapowski. W: Dzieje nauk geograficznych i geologicznych na uniwersytecie w Poznaniu. Poznań: Wydawnictwo Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk, 2012, ss. 26-30. .
Literatura dodatkowa Reprint: Zakład Narodowy im. Ossolińskich, Kraków 1989, . Mieczysław Pater, biogram w: Chorzowski Słownik Biograficzny, wyd.