Fokker był tak pewien znakomitych własności swego samolotu, że podczas pokazów sam szukał wrogich samolotów, które mógłby zaatakować – bez skutku.
Poza wprowadzeniem mocniejszego silnika konstrukcja samolotu pozostała praktycznie taka sama jak w Fokkerze E.I. Jedynymi dodatkowymi zmianami, jakie wprowadzono, było powiększenie wielkości zbiornika paliwa (E.II mógł zabrać 66 kg, w sytuacji, kiedy E.I tylko 50 kg) i dodanie zagłówka do siedzenia pilota, co bardzo pomagało pilotowi lecącemu w otwartej kabinie bez owiewki, narażonemu na ciągłe działanie strug powietrza przy średniej prędkości ponad 100 km/h.
Prawdziwą przewagę nad samolotami używanymi przez Ententę w tym okresie (rok 1915) dawał pilotowi Fokkera E.II synchronizator pozwalający na strzelanie z pojedynczego karabinu maszynowego Spandau lMG 08Harry Woodman, Spandau guns, seria Windsock Mini Datafile nr 10, Berkhamsted: Albatros Publications, 1997, s.3. pomiędzy łopatami pracującego śmigła, bez obaw o jego uszkodzenie.