Po maturze, w 1947 roku, rozpoczął studia historyczne, a rok później prawnicze na Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie. Wkrótce został asystentem na Wydziale Historycznym UJ. W 1959 uzyskał stopień doktora historii na podstawie pracy napisanej pod kierunkiem Celiny Bobińskiej, a w 1982 został profesorem zwyczajnym. W 1976 powierzono mu kierownictwo Zakładu Historii Powszechnej Najnowszej w Instytucie Historii UJ. Stanowisko to piastował do 1995 roku.
Wieloletni członek Komitetu Redakcyjnego kwartalnika historii wojskowości Wojskowy Przegląd Historyczny. Autor biogramów opublikowanych w Polskim Słowniku Biograficznym.
Odznaczenia: Srebrny Krzyż Zasługi z Mieczami (1944), Krzyż Armii Krajowej (1970), Złoty Krzyż Zasługi (1973), Krzyż Kawalerski OOP (1975), Krzyż Oświęcimski (1988)prof. Marian Zgórniak nota biograficzna Krzyż Komandorski (1998) i Krzyż Komandorski z Gwiazdą (2003) Orderu Odrodzenia Polski.
Honorowy obywatel Gorlic. Pochowany został na Cmentarzu Salwatorskim w Krakowie. thumb|Grób Mariana Zgórniaka