Projekt i rozwój Fokker E.I powstał jako projekt samolotu myśliwskiego na bazie nieuzbrojonego niemieckiego samolotu zwiadowczego Fokker M.5 (znanego także jako Fokker A.III), który z kolei był wzorowany na francuskim Morane-Saulnier typu H z 1913 roku. Jego konstrukcja została zainicjowana przez pomyślne testy strzelania z użyciem prototypu synchronizatora, które przeprowadził zespół kierowany przez holenderskiego konstruktora, Antona Fokkera. Testy przeprowadzono z użyciem nowego karabinu Parabellum lMG 14 zamontowanego na samolocie Fokker M.5. Wypadły one tak obiecująco, że po pierwszych próbach, które odbyły się w dniach 19 i 20 maja 1915, maszyna została w ciągu dwóch tygodni wysłana na front. Po udanych testach Anton Fokker postanowił zaprojektować samolot myśliwski na bazie Fokkera M.5, który z założenia korzystałby ze świeżo opracowanej technologii.