Historia Wyspa Tidore, podobnie jak sąsiednie wyspy, nie była zamieszkana do ok. 1250 r., ale już wcześniej była odwiedzana w poszukiwaniu cennych goździków. Sułtani Tidore władali większością południowej części Halmahery, czasami też rozciągając swą kontrolę na Buru, Ambon i wiele wysepek u wybrzeży Nowej Gwinei. W XVI wieku władcy Tidore weszli w luźny sojusz z Hiszpanami, którzy wznieśli na wyspach kilka fortów. Pomimo braku pełnego zaufania pomiędzy Tidorianami a Hiszpanami, hiszpańska pomoc dla Tidore była niezbędna dla utrzymania w ryzach nieprzyjaznego Ternate, jak również sił holenderskich i portugalskich zakładających swe bazy w pobliżu.
W czasie, gdy przewaga hiszpańska w regionie zaczynała słabnąć, co miało doprowadzić do ostatecznego wycofania się w roku 1663, Tidore stało się najsilniejszym i najbardziej niezależnym królestwem obszaru Moluków, skutecznie opierającym się presji Kompanii Wschodnioindyjskiej. Szczególnie za panowania sułtana Saifuddina (1657–1689) tidoriański dwór był zasilany holenderskimi opłatami z handlu korzennego, co pozwoliło na łatwiejsze utrzymywanie tradycyjnych stosunków z sąsiadami.