Sprzęt i instruktorów pozyskano z rozformowywanej szkolnej kompanii karabinów maszynowych w Centralnej Szkole Podoficerskiej.

Rozkazem dowódcy KOP z 23 lutego 1937 została zapoczątkowana pierwsza faza reorganizacji Korpusu Ochrony Pogranicza „R.3”. Jej wynikiem było między innymi przeorganizowanie pułku KOP „Wilejka” poprzez wcielenie w jego skład organizacyjny batalionu KOP „Wilejka”, nadanie pułkowi charakteru jednostki administracyjnej i reorganizację dowództwa pułku. Brygada KOP „Wilno” została zlikwidowana, a pułk KOP „Wilejka” podporządkowany został bezpośrednio dowódcy korpusu. Jednocześnie przeprowadzona została reorganizacja batalionów „Budsław” i „Krasne” oraz wystawiony został nowy batalion odwodowy KOP „Wilejka”. Pułkowi podporządkowano stację gołębi pocztowych KOP „Smorgonie”.

Pułk stał się jednostką administracyjną dla batalionu KOP „Budsław”, batalionu KOP „Krasne”, batalionu KOP „Wilejka”, II rejonu infrastruktury, kompanii saperów KOP „Wilejka”, plutonu żandarmerii KOP „Wilejka”, posterunku żandarmerii KOP przy pułku KOP „Wilejka”, komendy powiatu pw KOP „Wilejka”. Jednocześnie przynależne administracyjnie do pułku niektóre jednostki organizacyjne były zaopatrywane przez podkwatermistrzostwa batalionów KOP.