Gniazdo: Gniazdują w dołkach na ziemi lub na drzewach. Gniazda na ziemi są wysłane pierzem i ograniczone niskim kręgiem. Gniazda na drzewach zbudowane są ze źdźbeł i liści trzcin i umiejscowione na małej platformie z gałęzi. Niezależnie od miejsca gniazda, pelikany te gniazdują w koloniach.
Jaja: Z reguły samica składa 3 jaja.
Wysiadywanie: Jaja są wysiadywane przez oboje rodziców. Okres wysiadywania trwa ok. 39 dni.
Pisklęta: Młode wykluwają się nieopierzone, ale już po 2 tygodniach wyrasta im gęsty puch. Rodzice karmią pisklęta na wpół strawionymi resztkami ryb. W pierwszych dniach życia dorosłe ptaki uchylają dziób i zakraplają z niego oleistą ciecz w dzioby młodych. Kiedy małe pelikany podrosną, same wsadzają rodzicom głowy do dzioba. Wychowanie piskląt trwa najczęściej do 9 tygodni.
Status, zagrożenie i ochrona Choć pelikan brunatny jest w USA i w innych rejonach pod ochroną, w latach pięćdziesiątych i sześćdziesiątych XX w. jego liczebność spadła w następstwie stosowania pestycydów w rolnictwie. Teraz jednak pelikany tak się rozmnożyły, że globalna populacja tego gatunku nie jest zagrożona.