Szkoła stacjonowała w Wilnie przy 21 batalionie granicznym.
W 1927 sformowane zostało Dowództwo 6 Półbrygady Ochrony Pogranicza, 29 batalion odwodowy i trzy kompanie graniczne dla 19, 22 i 23 batalionów granicznych. Dowódcy 6 Półbrygady Ochrony Pogranicza podporządkowane zostały trzy bataliony (23, 24 i 29) i 19 szwadron kawalerii. Pozostałe pododdziały pozostały w bezpośredniej podległości dowódcy 6 Brygady Ochrony Pogranicza.
Latem 1928 zlikwidowana została szkoła podoficerska. W jej miejsce, oraz w miejsce identycznych szkół funkcjonujących w pozostałych brygadach, utworzony został Batalion Szkolny KOP w twierdzy Osowiec. Aby zapewnić odpowiednią liczbę żołnierzy o wyszkoleniu saperskim, z dniem 1 kwietnia 1928 utworzono brygadowy ośrodek wyszkolenia pionierów przy 21 batalionie granicznym w Wilnie.
W lipcu 1929 połączono 3 i 6 Brygady KOP tworząc Brygadę KOP „Wilno”, zlikwidowano Dowództwo 6 Półbrygady, utworzono Pułk KOP „Głębokie” i Pułk KOP „Wilejka” oraz wydzielono część pododdziałów dla nowo powstałej Brygady KOP „Grodno”. Jednocześnie pododdziały KOP otrzymały nazwy miejscowości, w których stacjonowały.