Na tym stanowisku działał na rzecz powołania 60-osobowego Walijskiego Zgromadzenia Narodowego, które przejęłoby większość kompetencji rządowego departamentu ds. Walii.
Po zwycięstwie Partii Pracy w wyborach 1997 r. Tony Blair mianował Daviesa ministrem ds. Walii. Jednocześnie Davies został członkiem Tajnej Rady. Dalej działał na rzecz autonomii Walii. Doprowadził to tego, że 31 lipca 1998 r. uchwalono Government of Wales Act, który tworzył Walijskie Zgromadzenie Narodowe, jednak o kompetencjach węższych niż to planował Davies.
19 września 1998 r. na specjalnej konferencji Walijskiej Partii Pracy Davies został wybrany jej kandydatem na pierwszego sekretarza Zgromadzenia. Jednak już miesiąc później, 29 października, zrezygnował z tego stanowiska. Dwa dni wcześniej zrezygnował również ze stanowiska ministra ds. Walii (był pierwszym ministrem w rządzie Blaira, który opuścił gabinet). Davies przyznał później, że jego rezygnacja związana była z naciskami jakimi został poddany, kiedy wyszło na jaw, że podczas przechadzki po Clapham Common (znanym miejscu spotkań homoseksualistów) przyjął zaproszenie na kolację od nieznajomego mężczyzny, a następnie został przezeń obrabowany. Związane z tym naciski ze strony premiera spowodowały rezygnację Daviesa.