Ściany wewnątrz budowli są gładkie, a wszelkie zdobienia zostały wykonane malarsko. Stworzone pędzlem listwy, gzymsy, ramy naśladują do złudzenia rzeczywiste, wykreślając przy tym misterny, lecz bardzo przejrzysty system podziałów geometrycznych, w którym – jak wykazała precyzyjna analiza pomiarowa – dokonano szeregu niezauważalnych okiem korektur optycznychM. Skubiszewska, Malarstwo Italii w latach 1250-1400, Warszawa 1980, s. 57.. Malowidła zawierają także elementy iluzji: na arkadzie, prowadzącej do prezbiterium, artysta namalował dwie puste kapliczki z lampami, stwarzające wrażenie głębi, a powyżej dwie konstrukcje architektoniczne, które z kolei wyglądają, jakby odstawały od powierzchni muru i wychodziły przed nią.
Ściany boczne nawy zawierają 36 scen z dziejami Joachima i Anny, życiem Maryi oraz historią Jezusa aż do zmartwychwstania. Sceny te ułożone są w trzech pasach na każdej ze ścian; na ścianie prawej od wejścia, u góry, znalazł się cykl z Joachimem i Anną, a poniżej w dwóch pasach sceny z życia Chrystusa.