Przedtem wiedeńscy luteranie mimo ograniczeń korzystali z eksterytorialnej kaplicy ambasady duńskiej, gdzie prowadzono duszpasterstwo również w języku niemieckim (już w 1764 wydrukowano w Norymberdze dla ich potrzeb własny kancjonał). Jednocześnie część terenów poklasztornych zakupiła nowa parafia ewangelicko-reformowana, a na pozostałym obszarze wzniesiono obecny Palais Pallavicini.
Pierwszym luterańskim proboszczem i superintendentem wiedeńskim został ks. Johann Georg Fock. Na mocy ograniczeń narzuconych przez patent tolerancyjny, dla nadania kościołowi świeckiego wyglądu, trzeba było rozebrać 3 wieże i od strony ulicy dodano trakt zabudowań (budowniczy Adalbert Hild). Dopiero w 1841 można było umieścić krzyż nad wejściem prowadzącym z ulicy na teren świątyni. Podczas remontu w 1872 wymieniono ławki na obecne. Dzięki zniesieniu ograniczeń Patentem Protestanckim z 1861, w 1876 architekt Otto Thienemann przebudował elewację prezbiterium od ulicy, nadając jej charakter kościelnej fasady ze szczytem.