Ferdynand otrzymał wówczas w ramach rekompensaty tytuł wielkiego księcia Würzburga, nowego księstwa stworzonego specjalnie dla niego z dawnego biskupstwa Würzburga.
W 1814, po upadku Napoleona, Ferdynandowi zwrócono Wielkie Księstwo Toskanii. Jednak w 1815 z Toskanii zostało wydzielone Księstwo Lukki – ponownie jako rekompensata dla Burbonów z Parmy. Lukka wróciła do Toskanii dopiero w 1847.
Ferdynand zmarł w 1824, we Florencji. Jego następcą został jego syn Leopold II, który ożenił się ze swoją siostrą cioteczną – Marią Antoniettą Burbon, księżniczką Obojga Sycylii.
Małżeństwo i potomstwo 15 sierpnia 1790, w Neapolu Ferdynand poślubił swoją siostrę cioteczno-wujeczną (podwójną, ze strony matki i ojca) – księżniczkę Obojga Sycylii – Luizę Marię Amelię Teresę Burbon (27 lipca 1773 – 19 września 1802), córkę króla Ferdynanda I Burbona i Marii Karoliny Habsburg. Para miała sześcioro dzieci: Karolinę Ferdynandę Teresę (1793–1802), Franciszka Leopolda (1794–1800), Leopolda II (1797–1870), wielkiego księcia Toskanii w latach 1824–1859, Marię Ludwikę Józefę Krystynę Różę (1799–1857), Marię Teresę (1801–1855), żonę króla Karola Alberta Sardyńskiego, dziecko (1802).