Federacje lokalne łączą się w federacje komarkalne, a te z kolei w federacje regionalne. Obecnie istnieje 11 federacji regionalnych – Andaluzja, Aragonia-La Rioja, Asturia-León, Wyspy Kanaryjskie, Katalonia-Baleary, Centrum (kraju), Estremadura, Galicja, Lewant, Murcja, Północ (kraju).
Historia Pierwsze lata Hiszpański ruch anarchistyczny, w pierwszych latach swego istnienia, nie miał ogólnokrajowej organizacji. Juan Gómez Casas tak pisał o organizacjach anarchistycznych przed powstaniem CNT:
W pierwszych latach XX w. uznano, że stworzenie ogólnokrajowej organizacji pracowniczej zapewni ruchowi siłę i jedność. W okresie przywrócenia monarchii Burbonów ruch robotniczy zjednoczył się wokół partii PSOE i związku zawodowego UGT. Źródłem tak wielkiej siły ruchów pracowniczych była działalność współtwórców Solidarności Robotniczej José Prata i Ricarda Melli zwolenników anarchosyndykalizmu, którzy położyli fundamenty pod anarchistyczny ruch związkowy.
CNT powstała w roku 1910 na kongresie katalońskiej Solidarności Robotniczej. Jej celem było stworzenie wyraźnej alternatywy wobec socjalistycznego UGT i „przyspieszenie emancypacji ekonomicznej klasy robotniczej poprzez wywłaszczenie burżuazji...”.