W 2000 roku rozpoczął służbę w Instytucie Nawigacji i Hydrografii Akademii Marynarki Wojennej. Początkowo był zatrudniony na stanowiskach starszego wykładowcy i adiunkta w dyspozycji naukowo-dydaktycznej, później został kierownikiem Zakładu Systemów Nawigacyjnych. W 2006 roku wyznaczono go p.o. dyrektora Instytutu Nawigacji i Hydrografii w związku z objęciem przez kmdr. dr. hab. inż. Cezarego Spechta, prof. nadzw. AMW stanowiska komendanta-dziekana Wydziału Nawigacji i Uzbrojenia Okrętowego. W 2007 roku został zastępcą komendanta a później prorektorem ds. wojskowych Akademii Marynarki Wojennej. Funkcję pełnił do 2017 roku.
Praca naukowa Komandor Mięsikowski jest specjalistą w zakresie urządzeń nawigacyjnych, systemów nawigacyjnych, manewrowania jednostkami pływającymi oraz bezpieczeństwa nawigacji. Brał udział we wdrożeniu Zespołu Okrętowych Systemów Nawigacyjno-Manewrowych w ramach Laboratorium Morskiego Doskonalenia Zawodowego. Od 2000 do 2007 roku był ławnikiem w Izbie Morskiej przy Sądzie Okręgowym w Gdańsku z siedzibą w Gdyni oraz członkiem sekcji szkolenia zawodowego i obowiązków wachtowych Ośrodka ds. IMO przy Polskim Rejestrze Statków. Zasiada w Senacie Akademii Marynarki Wojennej i Radzie Wydziału Nawigacji i Uzbrojenia Okrętowego.