Autorem wieży był Boshe, zaś hełmu, krzyża i chorągiewki – Daniel Madler.
Ostatecznie prace ukończono 17 listopada 1683 – rok ten widnieje na chorągiewce, co przez wielu badaczy jest błędnie interpretowane jako data budowy kościoła. Na nowej wieży umieszczono również dzwon z 1643, ocalały po pożarze, który do dziś w każde południe wybija godzinę 12-stą, a także dwa większe – w 1732 roku. W czasie II wojny światowej Niemcy wywieźli XVIII-wieczne dzwony. Dopiero w ostatnich latach dzięki współpracy prof. Januszajtisa z ks. Knapikiem jeden z nich powrócił do kościoła. Na ponad trzystuletnim dzwonie widnieje łacińska inskrypcja: Domine, da pacem in diebus nostris co oznacza: Panie, daj pokój naszym czasom.
W okresie reformacji kościół w Stegnie przejęli ewangelicy, posiadając go aż do 1945 roku. W 1945 roku przejęli go katolicy; wtedy też został poświęcony. 12 czerwca 1946 roku przybył do Stegny pierwszy powojenny duszpasterz. W 1948 roku administrator apostolski diecezji gdańskiej ks. Andrzej Wronka erygował w Stegnie parafię, obejmującą swym zasięgiem niemal całą Mierzeję Wiślaną.