Jednakże obdarzony znakomitą pamięcią podróżnik, po przybyciu w lutym 1537 roku do stołecznego wówczas Valladolid, zdołał wszystko odtworzyć i zaprezentować radzie nadwornej króla Karola I, za co został sowicie wynagrodzony.
Uznawany powszechnie za największego w Hiszpanii znawcę obszaru Pacyfiku został w roku 1540 zwerbowany przez Pedra Alvarado, który planował wyprawę na Filipiny. Gdy ekspedycja dotarła do Meksyku, wybuchło tam właśnie groźne powstanie indiańskie znane jako „wojna Mixtonów”. Podczas walk Alvarado zginął, a plan wyprawy został tym samym zarzucony. Urdaneta pozostał w Meksyku pełniąc różne funkcje administracyjne, a w roku 1552 wstąpił do zakonu augustianów, gdzie w pięć lat później przyjął święcenia kapłańskie.
W roku 1559 z polecenia króla Filipa II miał wziąć udział w kolejnej wyprawie na Ocean Spokojny. Jako ksiądz nie mógł jednak sprawować dowództwa ekspedycji, w związku z czym mianowano go „Przywódcą Armady”, a tym samym głównym pilotem. Z jego polecenia dowódcą został jego przyjaciel, Bask Miguel López de Legazpi.