U nowego trenera Leeds – Dennisa Wise'a Howson po raz pierwszy zagrał w zremisowanym 0:0 meczu z Hull City, w którym został wybrany najlepszym zawodnikiem. Swoją pierwszą bramkę dla Leeds angielski zawodnik zdobył 3 lutego 2007 roku w spotkaniu z Norwich City. Przed rozpoczęciem sezonu 2007/2008 Howson podpisał z Leeds nowy, trzyletni kontrakt. W pojedynku przeciwko Swansea City Anglik po faulu Ferriego Bodde doznał kontuzji, która wykluczyła go z gry w sześciu kolejnych meczach. Jonny powrócił na spotkanie z Tranmere Rovers, kiedy szkoleniowcem "Pawi" był już Gary McAllister.
7 kwietnia 2008 roku Howson został nominowany do nagrody dla najlepszego młodego zawodnika sezonu. 15 kwietnia w pojedynku z Huddersfield Town po raz pierwszy założył opaskę kapitańską swojego zespołu. Rolę kapitana pełnił także w następnym meczu przeciwko Brighton & Hove Albion. Anglik jest obecnie najmłodszym obok Billy'ego Bremnera piłkarzem w historii Leeds, który dostąpił tego zaszczytu.