Naukę rozpoczął w protestanckiej szkole podstawowej Ink Bottle w Glasnevin, w 1971 przeniósł się do szkoły działającej przy katedrze św. Patryka, ale z powodu konfliktu z nauczycielką języka hiszpańskiego już w następnym roku szkolnym zaczął uczęszczać do świeckiej szkoły Mount Temple Comprehensive School w Clontarf. W młodości interesował się grą w szachy, wziął udział w szachowych mistrzostwach Dublina. Przez krótki czas był zainteresowany aktorstwem i występowaniem w teatrze, a także grą na gitarze, której nauczył go brat.
Po śmierci matki 12 września 1974 (zmarła na udar mózgu) przeszedł nastoletni bunt, opuścił się w nauce i zamknął na innych ludzi. Z myślą o matce w późniejszych latach napisał kilka utworów, m.in. „Mofo”, „Lemon”, „I Will Follow” i „Iris (Hold Me Close)”. Ojciec Bono zmarł 21 sierpnia 2001; artysta napisał w jego hołdzie piosenkę „Sometimes You Can’t Make It on Your Own”.