Do zajęć uczelnianych powrócił jeszcze w 1956, wykładając petrografię kruszców na Wydziale Geologii Uniwersytetu Warszawskiego.
W styczniu 1950 podjął na część etatu pracę w Państwowym Instytucie Geologicznym, działającym tymczasowo w Krakowie, w Wydziale Rud prowadzonym przez dr Romana Krajewskiego. Prace kartograficzno-poszukiwawcze rud cynku i ołowiu, wykonywane na obszarze olkuskim, dały podstawę do wspomnianej pracy dyplomowej. Od lipca 1953 Franciszek Ekiert został zatrudniony w zreorganizowanym Instytucie Geologicznym na pełnym etacie, w Zakładzie Kruszców (dawny Wydział Rud), który został przeniesiony do Warszawy. W 1954 został powołany na stanowisko kierownika Sekcji Górnośląskiej Złóż Kruszców, a w 1957 na kierownika Zakładu Złóż Metali Nieżelaznych. Oprócz prowadzenia badań i poszukiwań złóż rud cynku i ołowiu, współpracował przy poszukiwaniu i dokumentowaniu złóż rud miedzi na monoklinie przedsudeckiej. Nadzorował również poszukiwania złóż rud niklu, cyny i boksytów.
Od września 1960 do listopada 1961 poszukiwał złóż rud żelaza w Demokratycznej Republice Wietnamu.