Następnego poranka więźniowie wyłamawszy drzwi cel wydostali się na wewnętrzny dziedziniec, jednakże tylko kilkuset z nich zdołało wydostać się poza teren więzienia. 25 czerwca na Brygidki powrócili enkawudziści, którzy przystąpili do systematycznej eksterminacji osadzonych. W ciągu czterech dni zamordowano co najmniej 2 tys. więźniów. Stosy trupów odnalezione później w piwnicach Brygidek liczyły po 4–5 warstw. Przed opuszczeniem Lwowa przez Sowietów gmach więzienia został podpalony. Prawdopodobnie ogień podłożyli enkawudziści, chcąc w ten sposób zatrzeć ślady zbrodni. Część źródeł sugeruje jednak, że „Brygidki” zostały podpalone przez samych więźniów już po odejściu Sowietów, gdyż ocalali z masakry nie chcieli dopuścić, aby więzienne akta dostały się w ręce nadciągających Niemców.
W więzieniu zginęli prawdopodobnie gen. dyw. Wojciech Rogalski i Kazimierz Kott, szef PLAN-u.