W 2008 Parlament Europejski przyjął raport jego autorstwa krytycznie oceniający budowę gazociągu Nord Stream.
Według IPN figuruje w dokumentach Służby Bezpieczeństwa jako kontakt operacyjny Departamentu I MSW (wywiadu PRL). Marcin Libicki zaprzeczył współpracy z SB, ponadto trzykrotnie składał oświadczenia lustracyjne, które nie zostały zakwestionowane. Wystąpił o tzw. autolustrację, Sąd Okręgowy w Poznaniu uznał jego oświadczenie lustracyjne za prawdziwe.
9 kwietnia 2009 opuścił Prawo i Sprawiedliwość na znak protestu wobec decyzji komitetu politycznego tej partii o skreśleniu go z wielkopolskiej listy PiS w kolejnych wyborach do Parlamentu Europejskiego (formalnie przestał być członkiem partii 14 lipca 2010). Nie ubiegał się ostatecznie o ponowny wybór do PE. 9 stycznia 2010 przystąpił do nowo powstałego ugrupowania Polska Plus, którego został wiceprezesem.
W wyborach prezydenckich w 2010 wbrew stanowisku swojej partii poparł kandydaturę Marka Jurka i wszedł w skład jego społecznego komitetu poparcia. Wraz z samorozwiązaniem Polski Plus (24 września 2010) wystąpił z tej partii, nie przystępując do PiS.