Na początku sezonu 2006 przegrała w ćwierćfinale Australian Open z późniejszą finalistką, Justine Henin. Po turnieju straciła pozycję liderki rankingu na rzecz Kim Clijsters. Wycofała się z turnieju w Japonii, miesiąc później dotarła do półfinału w Dubaju, ulegając finalistce Marii Szarapowej. Jej przegrana w czwartej rundzie Indian Wells to pierwszy przypadek w historii turnieju, gdy w ćwierćfinale nie zagrała żadna reprezentantka gospodarzy.
Z powodu licznych kontuzji (głównie pleców) nie występowała na kortach aż do sierpnia. Nie wystąpiła w wielkoszlemowych Roland Garros i Wimbledonie. Powróciła w Los Angeles, w pierwszej rundzie została niespodziewanie pokonana przez Samanthę Stosur, wówczas najlepszą deblistkę świata. Najlepszym występem w sezonie był turniej Pilot Pen Tennis w New Haven, w którym doszła do finału, pokonując po drodze m.in. Francescę Schiavone i Amélie Mauresmo. Skreczowała przy stanie 0:6, 0:1 przeciwko Belgijce Hardenne z powodu kontuzji prawego ramienia. Ta sama zawodniczka pokonała ją w ćwierćfinale US Open, w którym Lindsay pokonała w drugiej rundzie Jelenę Kostanic 6:0, 6:0. mały|Davenport przygotowuje się do returnu podczas US Open 2006
Pod koniec sezonu osiągnęła półfinał na Bali i ćwierćfinał w Pekinie. W Bali zwyciężyła grę podwójną w parze z Coriną Morariu. To jej 36.