miejsce w lidze i nie awansował do play-offów.
W kolejnych sezonach Polonia zajmowała miejsca w drugiej połowie tabeli, kilkukrotnie walcząc o utrzymanie w lidze (w sezonie 2007/2008 udało się to dopiero w ostatnim meczu z AZS Koszalin, wygranym dopiero w dogrywce). Przed sezonem 2010/11 klub znalazł się na skraju nieprzystąpienia do sezonu przez problemy finansowe wynikające z wycofania się sponsora – krakowskiej firmy Azbud. Ostatecznie Polonia przystąpiła do rozgrywek, jednak był to ostatni sezon występów w ekstraklasie – na kolejny Polska Liga Koszykówki nie przyznała klubowi licencji.
Czasy MKS-u Drużyna Polonii ponownie pojawiła się w rozgrywkach ligowych w sezonie 2012/13. Do najniższej, III ligi, zespół zgłosił młodzieżowy MKS Polonia Warszawa. W debiutanckim sezonie zawodnikom prowadzonym przez Andrzeja Kierlewicza nie udało się wywalczyć awansu. Mimo to w następnych sezonach Polonia występowała w II lidze, do której trafiła za sprawą zaproszenia od Polskiego Związku Koszykówki.