Władzę stanowił Zbór Główny, działający w Krakowie. Podlegały mu “zbory ziemskie” (Wolnego miasta Krakowa, Galicji, zaboru pruskiego, Królestwa Polskiego, Litwy i Ukrainy). Im z kolei podlegały “zbory obwodowe”, a tym “gminy” z “sołtysami” na czele. Osobne gminy działały na uniwersytetach i w seminariach duchownych.
W łonie SLP rywalizowały ze sobą frakcje - radykałów (ich trzon tworzyła młodzież krakowska z Łukaszewiczem, Gudrajczykiem, Zienkowiczem), skłonnych do natychmiastowego wywołania powstania i umiarkowanych (przeważali we Lwowie, m.in. Franciszek Smolka), zwolenników działania długofalowego i mozolnej akcji oświatowej. Po przeniesieniu Zboru Głównego do Lwowa (w 1836, po zajęciu Krakowa przez wojska zaborcze po zabójstwie carskiego agenta Behrensa) przewagę w kierownictwie zdobyli umiarkowani działacze, a bardziej lewicowych działaczy odsunięto od kierownictwa.