Najbarwniejszymi epizodami wojennej kariery Sary były jej akcje szpiegowskie. W ich czasie zdołała zdobyć wiele cennych informacji o zamiarach przeciwnika. Do najbardziej znanych należy historia, gdy zabarwiwszy sobie skórę na czarno, w przebraniu czarnego niewolnika spędziła trzy dni w Yorktown, w obozie konfederatów, zdobywając wiele cennych informacji natury militarnej.
Sarah zdezerterowała z armii w 1863. Powodem tego była malaria, jakiej nabawiła się w czasie wyczerpującego życia żołnierza. W obawie, iż w czasie rekonwalescencji w szpitalu polowym jej prawdziwa płeć może być odkryta, zdecydowała się opuścić armię.
Po odejściu z armii, poszukiwana jako dezerter odrzuciła swe przybrane nazwisko i płeć. Jako Sarah Emma Edmonds zaczęła pracować w United States Christian Commission. Także pod swym prawdziwym nazwiskiem w 1865 wydała książkę, wspomnienia Nurse and Spy in the Union Army (Pielęgniarz i szpieg w armii Unii), w której w barwny sposób opisała swe wojenne przygody. W 1867 wyszła za mąż za kanadyjskiego robotnika Linuesa Seelye, podobnie jak i ona osiadłego w USA.