Po raz pierwszy Polsko-Niemiecka Nagroda Dziennikarska została przyznana w 1997 roku przez rzeczników rządów niemieckich krajów związkowych Brandenburgii, Meklemburgii-Pomorza Przedniego i Saksonii oraz rzeczników prasowych wojewodów: zielonogórskiego, gorzowskiego, jeleniogórskiego i szczecińskiego. Od 1999 roku, tj. od chwili wejścia w życie nowego podziału administracyjnego Polski, fundatorami nagrody po stronie polskiej są nowo utworzone województwa: zachodniopomorskie, lubuskie i dolnośląskie. Co roku jeden z regionów, na przemian w Polsce lub w Niemczech, przejmuje obowiązki organizatora konkursu i gospodarza uroczystości wręczenia nagrody.
W 2014 roku po raz pierwszy wręczono ufundowaną przez Brandenburgię nagrodę „Dziennikarstwo na Pograniczu”. Wyróżnienie zostało przyznane przez jury za materiał, który w sposób przykładny dokumentuje integrację, przemiany i nowe problemy codzienności na pograniczu i który został przygotowany przez dziennikarzy z sześciu regionów partnerskich. Wysokość tej nagrody wynosi również 5000 euro.
Od 2008 roku Polsko-Niemiecka Nagroda Dziennikarska ma dwóch nowych fundatorów: i Fundację Współpracy Polsko-Niemieckiej.