Przez pierwsze miesiące wojny razem z niszczycielami flotylli przeważnie osłaniał główne siły floty w wypadach na Morzu Północnym i w składzie „patrolu północnego”, patrolował tam i eskortował konwoje. 29 listopada 1939 wraz z niszczycielem HMS „Kashmir” zatopił niemiecki okręt podwodny U-35 na północny zachód od Bergen, biorąc do niewoli dowódcę i 11 marynarzyDon Kindell, NAVAL EVENTS, NOVEMBER 1939, Part 2 of 2. (dowódca „Kingston”, P. Somerville został w grudniu za skuteczne działania przeciw U-Bootom odznaczony Distinguished Service Order). W marcu i kwietniu 1940 okręt był remontowany w Falmouth. Zmieniono mu następnie znak taktyczny z F64 na G64.

Morze Czerwone 1940-1941 14 maja 1940 „Kingston” z grupą niszczycieli (m.in. „Khartoum”, „Kimberley” i „Kandahar” z 5. Flotylli) został przeniesiony do Floty Śródziemnomorskiej, docierając 24 maja przez Maltę do Suezu. Z tymi niszczycielami utworzył 28. Dywizjon Niszczycieli, pełniący zadania eskortowe na Morzu Czerwonym, stacjonując głównie w Adenie.