W tym czasie przewidziała krach na amerykańskim rynku nieruchomości, od którego w 2008 roku zaczął się kryzys finansowy początków XXI wieku. Yellen ogłosiła swoje zapowiedzi rok przed ich nastąpieniem.
W 2009 roku była typowana na szefową Rezerwy Federalnej, ale ostatecznie tą instytucją pokierował dotychczasowy prezes, Ben Bernanke. Natomiast w 2010 roku Yellen mianowano wiceszefową Fed. Uważana jest za współtwórczynię polityki Fed tzw. luzowania ilościowego.
Jeszcze w 2013 roku National Organization for Women zaczęła zbierania podpisów pod wnioskiem w sprawie przekazania Yellen stanowiska szefowej Fed. Podpis pod petycją złożyło 130.000 osób, w tym 500 ekonomistów. 9 października 2013 roku prezydent Stanów Zjednoczonych Barack Obama nominował Janet Yellen na stanowisko przewodniczącego Rady Gubernatorów Systemu Rezerwy Federalnej Stanów Zjednoczonych. 6 stycznia 2014 jej wybór został zatwierdzony przez amerykański Senat stosunkiem głosów 56 „za” do 26 „przeciwko”.
30 listopada 2020 Joe Biden, po tym, gdy media uznały go za zwycięzcę wyborów prezydenckich, ogłosił, że Yellen uzyskała jego nominację na stanowisko sekretarz skarbu Stanów Zjednoczonych.