Wielu demokratów popierało też kandydata Unii Konstytucyjnej, Johna Bella. Wybory wygrał republikanin Abraham Lincoln.
Wraz z wojną secesyjną doszło do kolejnego podziału wewnętrznego. Tym razem przedmiotem sporu był stosunek do Skonfederowanych Stanów Ameryki. „Wojenni Demokraci” opowiadali się za wojną i poparciem dla republikańskiego prezydenta Abrahama Lincolna. „Pokojowi Demokraci” domagali się pokoju i nieingerowanie w sprawy wewnętrzne konfederacji. Większość wojennych demokratów startowało w wyborach w 1864 roku z ramienia Unii Narodowej i popierała Abrahama Lincolna.
Po zakończeniu wojny secesyjnej pozycja Partii Demokratycznej osłabła. Do końca XIX wieku tylko dwa razy wspierany przez nią kandydat wygrał wybory prezydenckie. Po śmierci Abrahama Lincolna, w wyniku sukcesji prezydentem został demokrata Andrew Johnson. Jednak był on bardzo niepopularny, a jego prezydentura została w znacznej mierze zdominowana przez proces o zdradę stanu (w którym został uniewinniony jednym głosem). Jego partia była mu bardzo nieprzychylna i na konwencji w 1868 roku zadecydowano o nienominowaniu go jako kandydata w kolejnych wyborach. mały|Członkowie Ku Klux Klanu w Kolorado Mimo zakończenia niewolnictwa partia dalej przejawiała nastroje rasistowskie.