1 lutego 1940 wraz z patrolowcem „Viking Deeps” uratował 13 rozbitków ze szwedzkiego statku „Fram” zatopionego przez niemiecki okręt podwodny U-13Don Kindell, NAVAL EVENTS, FEBRUARY 1940, Part 1 of 2. Pod koniec lutego „Khartoum” odniósł niewielkie uszkodzenia na skutek sztormu i od marca do maja 1940 był remontowany w Falmouth.
Morze Czerwone 1940 14 maja 1940 „Khartoum” z grupą niszczycieli (m.in. „Kandahar”, „Kimberley” i „Kingston” z 5. Flotylli) został przeniesiony do Floty Śródziemnomorskiej, docierając 24 maja do Suezu. Z tymi niszczycielami utworzył 28. Dywizjon Niszczycieli, pełniący zadania eskortowe na Morzu Czerwonym. 11 czerwca patrolował u wybrzeży Somali Włoskiego z HMS „Kingston” i krążownikiem , lecz bez kontaktu z jednostkami nieprzyjaciela.
23 czerwca rano „Khartoum” wziął udział w pojedynku na powierzchni z włoskim okrętem podwodnym „Torricelli” (typu Brin) w cieśninie Bab al-Mandab, wraz z niszczycielami HMS „Kandahar”, „Kingston” i slupem „Shoreham”, zakończonego zatopieniem „Torricellego” o 6:24. Po walce „Khartoum” patrolował ten rejon, lecz ok. godziny 11.50 wybuchł na nim pożar, spowodowany samoczynnym wybuchem zbiornika powietrza jednej z torpedDon Kindell, NAVAL EVENTS, JUNE 1940, Part 4 of 4.