Prawdopodobnie po tym wydarzeniu Czesi wybudowali na miejscu Lichania nową osadę, której pierwszym znanym właścicielem miał być zmarły w 1291 czeski możnowładca i dygnitarz Przemysła Ottokara II Bawor II ze Strakonic (przez historię znany także jako Bavor III). Pierwsza wzmianka o samym mieście pochodzi z dokumentu datowanego na rok 1296. Wymieniony w nim został wójt baborowski Jarosław (Jeroslaum advocatum de Baurwitz). Wzmianka o wójcie wskazywać może na lokację na prawie niemieckim. Początkowo większość z około 200 do 300 mieszkańców miasta była pochodzenia słowiańskiego. Lokacja Baborowa była jednym z elementów ekspansywnej polityki czeskiej na Płaskowyżu Prudnicko-Głubczyckim. W tym samym czasie na południowym brzegu joannici z Grobników mieli założyć Jaroniów (niem. Jernau). W 1337 połączono wydzielone wcześniej z Moraw księstwo opawskie ze śląskim księstwem raciborskim. Otworzyło to drogę do ekspansji raciborskiej w okolicach Baborowa. W XIV w. miasteczko zostało kupione przez konwent dominikanek św. Ducha w Raciborzu. Kościół parafialny, wzmiankowany w 1386 r., powstał najprawdopodobniej w momencie lokacji. Proboszczem był niejaki ks. Leerbeth, z pochodzenia Niemiec, po nim niejaki Wacław. W 1405 r. Baborów był już miasteczkiem zarządzanym przez magistrat.