Jego przywództwo miało charakter tajny. Siedzibą dyktatora było mieszkanie przy ul. Smolnej 3 (w ówczesnym jej dolnym ciągu, obecnie jest to okolica ulicy Czerwonego Krzyża), a sam Traugutt przybrał pseudonim Michał Czarnecki. Przyjął również wymyśloną tożsamość konspiracyjną, podając się za kupca pochodzącego z Galicji. Traugutt podjął się próby reorganizacji sił powstańczych i przekształcenia słabo uzbrojonych i luźno zorganizowanych oddziałów partyzanckich w regularną armię. 27 grudnia 1863 wydał dekret powołujący delegatów terenowych w celu uwłaszczenia chłopów. Jako jeden z głównych celów wskazywał także konieczność poprawy sytuacji finansowej oddziałów powstańczych. Jego zabiegi o udzielenie pożyczki w kraju i za granicą skończyły się jednak niepowodzeniem. Prowadził także szeroko zakrojoną politykę zagraniczną. Najpierw próbował uzyskać pomoc militarną od krajów Europy Zachodniej. Kiedy okazało się, iż nadzieje na to były zupełnie bezpodstawne, nawiązał kontakty z innymi europejskimi rewolucjonistami. Korespondował m.in. z Giuseppe Garibaldim.