1995–2010 thumb|Atkinson (2007) Również w latach 90. wcielał się w postać pełnego kompleksów oficera policji, inspektora Fowlera w serialu Cienka niebieska linia (1995–1996). Zagrał także kilka ról filmowych, m.in. postać księdza udzielającego tytułowych ślubów w Czterech weselach i pogrzebie. Użyczył głosu dzioborożcowi Zazu w oryginalnej wersji językowej Króla lwa.

Począwszy od przełomu XX i XXI wieku, kino stało się głównym polem aktywności zawodowej Atkinsona. Do najbardziej znanych filmów z jego udziałem należały: Wyścig szczurów, Scooby-Doo i To właśnie miłość. W 2003 zagrał rolę tytułową w parodiującej przygody Jamesa Bonda produkcji Johnny English. Następnie wystąpił w filmie Wszystko zostaje w rodzinie (2005), w którym odszedł od swojego błazeńskiego wizerunku.

W 2008 wrócił na scenę w roli Fagina w musicalu Oliver Twist na West Endzie.

Lata 2010. Na początku 2010 wytwórnia Universal Pictures podjęła decyzję o kontynuacji filmu Johnny English, ponownie obsadzając Atkinsona w roli agenta specjalnego Jej Królewskiej Mości. Aktor pełnił też rolę producenta wykonawczego filmu.