Po awansie do stopnia porucznika pozostał aż do krótkiego momentu przed końcem wojny adiutantem pułkowym na froncie wschodnim, ostatnio w stopniu kapitana rezerwy. W marcu 1945 w Prusach Wschodnich został ranny, po czym przez Bałtyk przetransportowano go do ciotki mieszkającej w Lindau nad Jeziorem Bodeńskim.
W 1945 ponownie podjął studia historii oraz prawa w Getyndze, które ukończył w 1950 prawniczym egzaminem państwowym pierwszego stopnia, a w 1953 drugiego stopnia. W lipcu 1955 uzyskał tytuł doktora prawa (Dr. jur.). Po studiach, od 1947 do początku 1949, pracował jako asystent adwokata Hellmuta Beckera, który był obrońcą jego ojca podczas procesów norymberskich. W trakcie tzw. procesu Wilhelmstrasse, Weizsäcker był obrońcą posiłkowym swojego ojca Ernsta von Weizsäckera, skazanego na kilkuletnią karę więzienia. Od 1950 do 1953 pracował jako asystent naukowy w Mannesmann AG w Gelsenkirchen. W 1953 przeniósł się do działu prawnego Mannesmann AG do Düsseldorfie. W lipcu 1955 został zastępcą, a w 1957 kierownikiem działu gospodarczo-politycznego. Pod koniec 1958 odszedł z Mannesmanna i do 1962 był wspólnikiem domu bankowego Waldthausen. Potem był od 1962 do 1966 członkiem zarządu spółki chemiczno-farmaceutycznej Boehringer Ingelheim w Ingelheim am Rhein.