Jego wykłady przyciągały nawet studentów miejscowego uniwersytetu. Od 1792 r. rozpoczął wykłady w Szkole Głównej Wielkiego Księstwa Litewskiego.
Od 1792 r. dzięki stypendium KEN-u w Warszawie (z władzami KEN-u w Wilnie był w niezbyt dobrych stosunkach) miał możliwość obserwowania postępów nauki i dokształcania się za granicą. Podczas podróży zatrzymał się w Krakowie. Był tu przyjmowany przez tamtejszego profesora historii naturalnej Franciszka Sheidta i otrzymał możliwość zwiedzenia uniwersyteckiego ogrodu botanicznego. 10 czerwca 1792 r. Jundziłł przybył do Wiednia. Na miejscu, wielką pomoc mu okazał Józef Jaquin, dyrektor akademickiego ogrodu botanicznego, autor między innymi Flora austriaca. Razem jeździli w teren poznając roślinność, silnie zróżnicowanego, tamtejszego środowiska. Przy okazji zawiązała się między nimi nić przyjaźni, kontynuowanej listownie przez wiele następnych lat. Jundziłł robił też dalsze wycieczki: do Pragi, Drezna, na Węgry (zwiedzał tamtejsze złoża i kopalnie). W ramach samokształcenia z mineralogii i metalurgii zimą 1793 r. wybrał się do Freiburga. Zainteresował się też ludwisarstwem.