W sezonie 2005/2006 Zapater doprowadził Real do finału Pucharu Hiszpanii. Po drodze zespół z Aragonii wyeliminował m.in. Barcelonę i Real Madryt, jednak w finale uległ 1:4 Espanyolowi Barcelona. W lidze Alberto wystąpił w 35 meczach, jednak nie zdobył w nich gola. Także w sezonie 2006/2007 ani razu nie trafił do siatki rywali, ale znów był czołowym zawodnikiem zespołu i zajął z nim wysokie 6. miejsce, gwarantujące start w Pucharze UEFA.
W lipcu 2009 roku za 4,5 miliona euro Zapater odszedł do włoskiej Genoi. W Serie A zadebiutował 23 sierpnia w wygranym 3:2 meczu z AS Roma, w którym zdobył gola. Po sezonie Zapater odszedł do lizbońskiego Sportingu w rozliczeniu za Miguela Veloso. Swój debiut w Sportingu zanotował 22 sierpnia 2010 w meczu z CS Marítimo (1:0). W Spotingu spędził jeden sezon.
W 2011 roku Zapater został zawodnikiem Łokomotiwu Moskwa. W Łokomotiwie zadebiutował 10 września 2011 w zwycięskim 4:2 domowym meczu z Zenitem Petersburg. W 2016 wrócił do Realu Saragossa.