do nich zaliczyć można skomplikowaną i niezbyt jasną drogę od gigantycznego hallu głównego do peronów, ciasnotę i mało klarowny układ tych dojść, zwłaszcza podziemnych, jak również brak kontynuacji głównej osi poprzecznej dworca, kończącej się nieoczekiwanie na pierwszym peronie. Pewien niedosyt budzi także przesunięcie na zachód od osi Karasuma-dōri głównego wejścia i hallu, czyli punktu centralnego fasady i struktury budowli. Mimo to, jeśli po-modernistyczna architektura dworców miała przyczyniać się do atrakcyjności podróży koleją, to dworzec w Kioto jest jej ważnym przykładem.
Perony JR – sieć wąskotorowa thumb|200px|Perony wąskotorowe, wejście na galerię. W głębi kompleks Shinkansen thumb|200px|Jeden z peronów Shinkansen thumb|200px|Wejście do dworca Kintetsu, poziom 2F thumb|200px|Południowa elewacja kompleksu Shinkansen widziana od zejścia z „galerii NS” thumb|200px|Widok zachodniej głowicy dworca z tarasu budynku głównego. Na łuku linia Kintetsu Główny kompleks tworzą dwa perony boczne i trzy perony wyspowe, szerokości ok. 12 i 10 m i długości 400 i 340 m (razem 8 torów przelotowych, oznaczonych numerami 0, 2-8). Pod zachodnią częścią budynku znajdują się perony czołowe linii JR Sagano – cztery tory ślepe (oznaczone numerami 30-34).