W systemach okienkowych X Window System thumb|300px|Menedżer okien X11 System okien X Window System sam w sobie nie zawiera żadnego menedżera okien. Istnieje szeroki wybór dostępnych menedżerów dla tego środowiska różniących się zakresem funkcjonalności. Oryginalnie architektura przewidywała pełną separację odpowiedzialności obu tych komponentów, lecz obecnie granica ta zaczęła się zacierać wraz z pojawieniem się menedżerów kompozycji i przenoszeniem części zadań systemu okien do jądra systemu operacyjnego lub do samego menedżeraKWin/Wayland w sekcji Why Plasma needs Wayland?.
Microsoft Windows System Windows posiada zintegrowany stosowy menedżer okien od wersji 2.0. Windows Vista wprowadził alternatywny menedżer kompozycji dwm.exe korzystający z akceleracji sprzętowej. W tej architekturze rola menedżera okien jest ściśle powiązana z podsystemami graficznymi jądra i przez to nie może być w pełni oddzielona. Istnieją jednak niezależne narzędzia, które potrafią zasymulować kafelkowy menedżer okien na bazie dostępnych funkcji.