2001–2003 W styczniu 2001 grupa ponownie weszła do studia, gdzie we współpracy z Rossem Robinsonem rozpoczęła prace nad kolejnym albumem, zatytułowanym Iowa. Nowe wydawnictwo ukazało się 28 sierpnia. W ramach promocji ukazały się trzy single The Heretic Anthem, Left Behind i My Plague do których zrealizowano również teledyski. W 2002 perkusista Joey Jordison, jako gitarzysta wystąpił na debiutanckiej płycie zespołu Murderdolls zatytułowanej Beyond The Valley Of Murderdolls; perkusista Shawn Crahan zagrał na debiutanckim albumie To My Suprise – To My Surprise; natomiast Corey Taylor reaktywował grupę Stone Sour. 1 lutego 2002 grupa wystąpiła w katowickim Spodku.
2003–2007 Pod koniec 2003 muzycy rozpoczęli prace nad Vol. 3: (The Subliminal Verses); tym razem grupa skorzystała z usług producenta Ricka Rubina. Płyta ukazała się 25 maja na całym świecie. Promowały ją single Duality, Vermilion, Before I Forget, The Nameless i The Blister Exists.