Otrzymał stopień pułkownika.
W 1775 wziął udział w inwazji na Kanadę i wraz z oddziałem 300 żołnierzy odparł atak 800-osobowego oddział generała Carltona mający za zadanie przerwanie oblężenia miasta i wsparcie McLeana. Brał również udział w bitwie o Crown Point.
W lipcu 1777 w czasie spotkania w Windsorze, Warner otrzymał rozkaz opuszczenia Fortu Ticonderoga oraz objęcia dowództwa straży tylnej, która stoczyła bardzo dobrze zaplanowaną bitwę pod Hubbardton przegraną po przybyciu posiłków brytyjskich w postaci Jegrów Brunszwickich.
Warner brał udział i wspierał Johna Starka w planowaniu bitwy pod Bennington. Później w czasie lądowania nad jeziorem George zdobył statki mające posłużyć w ucieczce sił generała Burgoyne.
Zakończenie kariery W 1782 w związku z pogarszającym się zdrowiem powrócił do Roxbury. Nigdy nie nauczył się dbać o swoje finanse i był typem działacza publicznego. Jego próby spekulacji ziemią z nowych terytoriów spowodowały duże długi. Pod koniec życia Warnera jego żona złożyła do Kongresu list w sprawie wsparcia finansowego. Po długim czasie oczekiwania Kongres przyznał im wsparcie w postaci 2000 akrów ziemi (8 km²) w północno-wschodniej części Vermontu. Ziemię tę nazwano później Gruntami Warnera (ang. Warner’s Grant).