Na przełomie lat 60. i 70. XIX wieku Charlotte Garrgiue studiowała na Konserwatorium Lipskim. W 1877 roku w Lipsku, podczas wizyty u swojej przyjaciółki z lat studenckich, po raz pierwszy spotkała swojego przyszłego męża Tomasza Masaryka, który udał się w podróż do Lipska po obronie doktoratu na Uniwersytecie Wiedeńskim. Wkrótce odbyły się zaręczyny a 15 marca 1878 para zawarła ślub cywilny i unitariański u rodziny Charlotty Garrigue w USA. Małżonkowie po ślubie odbyli podróż do Wiednia, gdzie Charlotte Garrigue-Masaryková rozpoczęła naukę języka czeskiego. W 1881 roku przeprowadzili się do Pragi, gdzie Masaryk rozpoczął pracę jako profesor na Czeskim Uniwersytecie Karola (do 1939 roku Uniwersytet Karola był rozdzielony na dwie części – niemiecką i czeską).
Z sześciorga dzieci Charlotty Garrigue-Masarykovej dwoje umarło w wieku dziecięcym. W Wiedniu w maju 1879 roku Charlotte urodziła córkę Alice, rok później syna Herberta, w 1886 roku drugiego syna Jana, który jako jedyny z dzieci urodził się w Pradze. W 1890 roku przyszła na świat druga córka Eleanora, która umarła w wieku czterech miesięcy. W 1891 roku Charlotte Garrigue-Masaryková urodziła trzecią córkę Olgę.