W okresie II wojny światowej i okupacji, ksiądz Cieński ukrywał i ratował polskich Żydów (m.in. przewoził ich do bezpieczniejszego Lwowa), był kapelanem miejscowego inspektoratu Armii Krajowej pod pseudonimem Skarga, ukrywał polskich mieszkańców Złoczowa i okolicznych wsi przed masowymi rzeziami dokonywanymi przez Ukraińców.
Po masowym morderstwie przeprowadzonym przez rosyjskich enkawudzistów na więźniach zamku złoczowskiego w 1941 ksiądz Cieński odprawiał modlitwy za pomordowanych.
Po rzezi mieszkańców Huty Pieniackiej przez ukraińskich nacjonalistów przy udziale ukraińskich żołnierzy 14 Dywizji Grenadierów SS (28 lutego 1944) pomagał w pochówkach okrutnie pomordowanych, zaopiekował się żyjącymi ofiarami, ofiary chowane w zbiorowych mogiłach żegnał żałobną liturgią w dniu 2 marca 1944.
Po wygnaniu z przedwojennych wschodnich województw II RP ludności polskiej ksiądz Jan Cieński pozostał w rodzinnym Złoczowie pełniąc dalszą posługę kapłańską, mimo stałych szykan i ataków fizycznych