W celu złamania oporu do zbuntowanych kantonów wkroczyły wojska francuskie pod dowództwem generała Balthasara Alexisa Henri Antoine von Schauenburga. Jako pierwsze zaatakowane zostały kantony Glarus i Zug, które poddały się praktycznie bez walki już po pierwszych potyczkach. Zagrożeni mieszkańcy Nidwalden rozpoczęli umacnianie palisad w miejscowości Stansstad, która wytrzymała pierwszy atak francuski. Dnia 9 kwietnia 1798 r. Francuzom udało się przełamać obronę Szwajcarów. Miasto poddało się, a obrońcy dostali się do niewoli.
Pod koniec kwietnia 1798 r. gotowa była armia pięciu kantonów w sile 10 000 ludzi pod przywództwem Aloisa von Redinga ze Schwyz. W jej skład m.in. weszły wojska z kantonów Uri, Schwyz i Unterwalden. W okresie od 30 kwietnia do 3 maja siły te z powodzeniem odpierały ataki 12 000 armii francuskiej. Dnia 3 maja Reding został jednak zmuszony do podpisania zawieszenia broni z Schauenburgiem. Na skutek militarnej przewagi Francuzów kantony Szwajcarii wewnętrznej miały uznać konstytucję podległej Francji Republiki Helweckiej.