Po zniszczeniach wojennych, które dotknęły dom i drukarnię we wrześniu 1939, ks. Pauliński przeniósł się wraz z kierowanymi instytucjami do domu udostępnionego przez Kurię Polową przy warszawskim kościele garnizonowym. Włączył się również do pracy konspiracyjnej jako jeden z liderów organizacji Front Odrodzenia Polski. Przewodniczył Komisji Duchowieństwa w pionie organizacyjnym Kierownictwa Walki Cywilnej Delegatury Rządu; zadaniem tej komisji, w skład której oprócz Paulińskiego weszli jezuita Edmund Elter i ks. Jerzy Sienkiewicz, było wciągnięcie do pracy konspiracyjnej ogółu polskiego duchowieństwa i prowadzenie wspólnej, antyniemieckiej akcji niepodległościowej. Ponadto ks. Pauliński prowadził akcje charytatywne dla Polaków i Żydów; ukrywał zagrożonych aresztowaniem, dostarczał dokumenty, żywność i dewocjonalia. Organizował donoszenie komunii dla więźniów Pawiaka.
Zmarł w maju 1943 w Warszawie, został pochowany w kwaterze pallotyńskiej na cmentarzu Bródnowskim.
Bibliografia Tadeusz Gliński, Franciszek Pauliński, w: Polski Słownik Biograficzny, tom XXV, 1980
Kategoria:Polscy prezbiterzy pallotyńscy Kategoria:Rektorzy Wyższego Seminarium Duchownego w Ołtarzewie Kategoria:Działacze FOP Kategoria:Urodzeni w 1901 Kategoria:Zmarli w 1943 Kategoria:Pochowani na cmentarzu Bródnowskim w Warszawie Kategoria:Absolwenci Uniwersytetu Warszawskiego Kategoria:Ludzie urodzeni w Sulmierzycach