20 sierpnia 1991 roku kraj ponownie odzyskał niepodległość, a 13 kwietnia 1994 roku w ramach sił zbrojnych Estonia reaktywowała swoje siły powietrzne, będące obecnie częścią sił NATO. W latach 1994–1995 zakupiono pierwsze samoloty: dwa An-2, jeden PZL-104 Wilga 35A i trzy śmigłowce Mi-2. W 2001 roku dokupiono trzy An-2. W 2002 roku stare śmigłowce An-2 zastąpiono przez cztery lekkie Robinson R44, otrzymane od USA.
W skład Estońskich Sił Powietrznych wchodzą trzy jednostki organizacyjne: Dowództwo Sił Powietrznych – podnoszenie gotowości i potencjału bojowego oraz podnoszenie umiejętności jednostek Skrzydło Obserwacji Przestrzeni Powietrznej – utrzymanie systemu obserwacji przestrzeni powietrznej w celu wykrycia obiektów latających Baza Lotnicza Amari 13 kwietnia 1994 roku Dowództwo Sił Powietrznych w Tallinnie dostało prerogatywę dowodzenia siłami powietrznymi. System obserwacji przestrzeni powietrznej jest połączony z systemami wewnątrz sojuszu NATO i przekazują aktualne informacje o Połączonego Centrum Operacji Powietrznych oraz naprowadzają sojusznicze myśliwce.