Od marca 2001 do marca 2003 był doradcą prezesa Narodowego Banku Polskiego, następnie od marca do czerwca 2003 prezesem Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa. W latach 2003–2004 dyrektor Departamentu Komunikacji Społecznej NBP, a od marca do września 2004 członek Zarządu NBP.

30 września 2004 został powołany na stanowisko prezesa Narodowego Funduszu Zdrowia. Z funkcji tej odwołano go 8 września 2006. Jego dymisję umożliwiły uchwalone z inicjatywy Prawa i Sprawiedliwości zmiany w ustawie o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych, odbierające radzie NFZ, która uprzednio odrzuciła wniosek Zbigniewa Religi o odwołanie Jerzego Millera, uprawnienia do powoływania i odwoływania prezesa funduszu i przyznające je jednocześnie premierowi.

5 grudnia 2006 został przez prezydenta Warszawy Hannę Gronkiewicz-Waltz nominowany na stanowisko zastępcy prezydenta Warszawy. 29 listopada 2007 powołano go na funkcję wojewody małopolskiego. 13 września 2009 wszedł w skład Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa (SKOZK).