Po aneksji Austrii Jones pomógł Freudowi opuścić w 1938 roku ziemie Rzeszy. Utrzymywał z nim ścisłe kontakty aż do jego śmierci.
W latach 1953–1957 Jones opublikował pierwszą wielką trzytomową monografię Freuda: The Life and Work of Sigmund Freud - dzieło wprawdzie dziś krytykowane ze względu na wiele nieścisłości i zafałszowań, niewątpliwie jednak pierwszą wielką pracę na temat ojca psychoanalizy.
Dzieła Papers on Psycho-analysis (1913). Therapie der Neurosen (1921). Essays in Applied Psycho-Analysis, t. I-II, (1923-1951). The Nightmare, (1931). What is Psychoanalysis? (1948). Hamlet and Oedipus (1949). Sigmund Freud. Life And Work (1953-1957). Free association: Memories of a Psycho-Analyst (1959). Die Theorie der Symbolik und andere Aufsätze. Mit einem Vorwort von Peter Krumme, Frankfurt am Main, Berlin, Wien: Ullstein 1978.
Bibliografia Bonomi Carlo, "Ferenczis 'geistiger Verfall': Jones' Behauptung neu bewertet", w: Psyche. Zeitschrift für Psychoanalyse und ihre Anwendungen, R. 53, maj 1999, s. 408-418. Brome V., Ernest Jones: Freud’s Alter Ego. London: Caliban Books, 1982. Davies T.G., Ernest Jones: 1879-1958.